วัดยานนาวา เดิมชื่อว่า วัดคอกควาย
        เป็นวัดเก่าแก่แห่ง หนึ่งมาตั้งแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยา และได้รับการยกย่องเป็นพระอารามหลวงในช่วงกรุงธนบุรี ต่อมาในปีขาล จัตวาศก จ.ศ. ๑๑๔๔ พ.ศ. ๒๓๒๕ รัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ สร้างพระอุโบสถหลังเล็กขึ้นถวาย และพระราชทานวิสุงคามสีมาให้แก่ทางวัด และทรงพระราชดำริว่าชื่อวัดคอกควายไม่เหมาะสม จึงได้พระราชทานนามให้เรียกชื่อวัดเสียใหม่ว่า "วัดคอกกระบือ"

เจดีย์รูปเรือสำเภา
        มูลเหตุที่สร้างเจดีย์รูปเรือสำเภาที่วัดยานนาวานั้น พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชดำริเห็นว่า พระอุโบสถวัดคอกกระบือทรุดโทรมลงมาก จึงมีพระราชศรัทธาปฏิสังขรณ์พระอุโบสถแล้วใคร่จะทรงสร้างเจดีย์เพิ่มขึ้น ทรงพระราชดำริเห็นว่า จะสร้างเป็นพระสถูปหรือพระปรางค์ก็มีอยู่ที่อื่นมากแล้ว ทรงปรารภว่า แต่ก่อนมา เรือที่ใช้ไปมาค้าขายกับต่างประเทศใช้เรือสำเภาเป็นพื้นในเวลานั้นเกิดต่อเรือกำปั่นใบอย่างฝรั่งใช้กันมากขึ้นทุกที พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพยากรณ์ว่า เรือสำเภาคงจะสูญไป อาศัยเหตุนี้ เมื่อทรงดำริหาแบบอย่างพระเจดีย์ที่จะสร้างวัดที่คอกกระบือทรงระลึกขึ้นถึงธรรมทั้งหลายที่ซึ่งพระเวสสันดรโพธิสัตว์ อุปมาเหมือนเรือสำเภายานนาวา ในมหาเวสสันดรชาดกกัณฑ์กุมาร จึงโปรดเกล้าฯให้สร้างพระเจดีย์มีฐานเป็นสำเภาเท่าขนาดเรือสำเภาจริงขึ้นไว้ที่วัดคอกกระบือ มีพระราชดำรัสว่า

"คนภายหน้าอยากจะเห็นเรือสำเภาเป็นอย่างไรจะได้มาดู"
        อนึ่ง เมื่อมีการสร้างเจดีย์รูปเรือสำเภาจีนที่วัดแล้วเสร็จ พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว จึงได้ทรงพระราชทานนามวัดใหม่ จากวัดคอกกระบือ เป็น "วัดญานนาวาราม" แทน ส่วนของสำเภาและพระเจดีย์

พระประธานของวัด
        พระประธานในพระอุโบสถมี ๔ องค์ เป็นพระปั้นทั้ง ๔ องค์ ซึ่งมีขนาดต่างกันดังนี้ :
องค์ที่ ๑ เป็นองค์ใหญ่ปางมารวิชัยนั่งสมาธิ ส่วนกว้างวัดหน้าตักได้ ๓ ศอก ๘ นิ้ว สูง ๑ วา ๑๐ นิ้ว
องค์ที่ ๒ เป็นปางมารวิชัย (องค์ขวา) วัดหน้าตักได้ ๑ ศอก ๙ นิ้ว สูง ๑ ศอก ๑๕ นิ้ว
องค์ที่ ๓ เป็นปางมารวิชัย (องค์ซ้าย) วัดหน้าตักได้ ๑ ศอก ๑๑ นิ้ว สูง ๑ ศอก ๑๖ นิ้ว
องค์ที่ ๔ เป็นปางมารวิชัยนั่งสมาธิ ส่วนกว้างวัดหน้าตักได้ ๒ ศอก ๑๐ นิ้ว สูง ๓ ศอก ๑๐ นิ้ว (สภาพการตั้งพระประธานปี๒๕๔๙)

        มีบันทึกของนักโบราณคดี บรรยายกล่าวถึงความงามและคุณค่าทางศิลปะในพระอุโบสถ
วัดยานนาวาว่า "ตัวพระอุโบสถถือได้ว่าเป็นงานศิลปกรรมชั้นเยี่ยมในสมัยรัตนโกสินทร์
ทั้งหน้าบันฝีมือช่างหลวงในสมัยรัชกาลที่ ๑ ที่ทำเป็นลายเทพพนมประดับด้วยลวดลายสัตว์หิมพานต์
ที่ซุ้มประตูพระอุโบสถทำเป็นตัวนาค ประดับกระจก ส่วนบานประตูและหน้าต่างเป็นฝีมือช่าง
สมัยรัชกาลที่ ๓ เขียนลายรดน้ำปิดทองที่งดงามมาก โดยที่บานประตูด้านนอกเขียนเป็นรูปเสี้ยวกางเหยียบสิงห์
ด้านในทำเป็นรูปกระทงใหญ่ตามแบบพระราชพิธีในรัชกาลที่ ๓ ส่วนบานหน้าต่างด้านนอกเป็นเรื่องทศชาติ
พร้อมคำอธิบาย บานหน้าต่างด้านในเขียนเป็นรูปโถยาคูที่ใช้เลี้ยงพระในงานพระราชพิธีสารท"

พระบรมราชานุสาวรีย์พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว
        ด้วยสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณ ที่พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงมีต่อประเทศไทย พสกนิกรชาวไทย และวัดยานนาวา คณะสงฆ์วัดยานนาวา โดยพระเดชพระคุณพระพรหมวชิรญาณ และคณะกรรมการวัดยานนาวา จัดสร้างพระบรมราชานุสาวรีย์พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ขึ้นบริเวณหน้าเจดีย์รูปเรือสำเภา พร้อมปรับปรุงภูมิสถาปัตย์โดยรอบทั้งบริเวณ

ศิลปกรรมและศิลปวัตถุ
        ถาวรวัตถุนอกจากที่เป็นอสังหาริมทรัพย์ เช่น พระอุโบสถ เจดีย์รูปเรือสำเภา
ศาลาการเปรียญและกุฏิเป็นต้น ยังมีถาวรวัตถุที่เป็นสังหาริมทรัพย์ ที่ได้รับพระราชทานและมีผู้ถวายดังนี้
คือ พระบรมรูปรัชกาลที่ ๕ ทรงเครื่องจอมพลหล่อ องค์หนึ่ง ธรรมาสน์พระราชทานในงานพระบรมศพพระบาท
สมเด็จพระจุลจอมเกล้าพระปิยมหาราช รัชกาลที่ ๕ หนึ่งธรรมาสน์ ตู้พระไตรปิฎก ๑ ตู้ พร้อมทั้งพระไตรปิฎก ๑ จบ
ธรรมาสน์พร้อมด้วยเบาะหมอน ๑ ธรรมาสน์ หนังสือพระปาฏิโมกข์ตัวขอมเขียนด้วยสมุดไทย ๑ ฉบับ ตู้ ๑ ตู้
เชิงเทียนทองเหลือง ๑ อันได้ในงานพระศพสมเด็จพระปิตุจฉาเข้าสุขุมาลมารศรี พระอัครราชเทวีฯ ในพระอุโบสถ
มีกระถางธูปทองเหลืองขนาดใหญ่ของเก่า ๑ ใบ พวกสัปบุรุษทายกได้เรี่ยไรทุนซื้อโต๊ะมุกหมู่เก้า ๒ หมู่
ธรรมาสน์มุก ๒ ธรรมาสน์ ถวายเป็นของสงฆ์ในวัดยานนาวา รวมถึงพระบรมสารีริกธาตุและพระอรหันต์ธาตุนับร้อย
ที่สามารถให้ทุกท่านได้ชมอย่างใกล้ชิด